Em 1974, durante o Congresso Internacional de Combate ao Câncer, realizado em Florença (Itália) sob o patrocínio da Union for International Cancer Control (UICC), médicos brasileiros sugeriram a formação de um grupo para o estudo do câncer na América Latina. O líder era o mastologista, João Sampaio Góes Junior.
No dia 25 de abril do mesmo ano, foi aprovada pelo Governo do Estado de São Paulo a Lei nº 195, que regulamentava a criação da Fundação Centro de Pesquisa de Oncologia (FCPO). Uma de suas finalidades era ser um centro de excelência para capacitação de profissionais, incluindo a introdução da educação sobre câncer nas escolas médicas.
A FCPO passou a se chamar Fundação Oncocentro de São Paulo em 1986. Atualmente, é composta pelas seguintes áreas técnicas: Reabilitação, Assistência Laboratorial, Informação e Epidemiologia e Equipe Técnica.